kaplica Akademii Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych jest centralnym punktem planu kampusu Beaux-Arts Ernesta Flagga i głównym punktem orientacyjnym w centrum Annapolis. Pierwotnie na planie krzyża greckiego, monumentalna kaplica osiąga wysokość 210 stóp na szczycie okrągłej kopuły latarni. Flagg zamierzał użyć granitu nośnego, jak w pierwszych fazach budowy Akademii Marynarki Wojennej Stanów Zjednoczonych, ale do 1904 roku rosnące koszty budowy sprawiły, że kwota przeznaczona na kaplicę stała się niewystarczająca. Zamiast zmniejszyć rozmiar i wpływ swojej kaplicy, Flagg zaprojektował tańszą betonową ramę i zastąpił szarą cegłę i terakotę zewnętrznym granitem. Jego lekko obramowana, dwuskrzydłowa kopuła została uznana za śmiałe i innowacyjne zastosowanie opatentowanego przez Hennebique systemu betonowego. Podobna betonowa konstrukcja była używana do ognioodpornego sklepienia w innych budynkach Akademii Marynarki Wojennej, ale jej użycie w kaplicy było powszechnie uważane za najbardziej wyrafinowane zastosowanie tego materiału w Stanach Zjednoczonych w tym czasie.
Biograf Flagga, Marges Bacon, identyfikuje kaplicę wojskową Dôme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) w Paryżu jako inspirację architekta. Zbudowany najpierw jako Kaplica Królewska dla Ludwika XIV, Dôme des Invalides został odnowiony, aby umieścić kryptę dla Napoleona I w 1840 roku. Flagg miał podobne ambicje co do kaplicy, proponując umieszczenie krypty dla jeszcze znajdujących się szczątków Johna Paula Jonesa, bohatera marynarki wojennej wojny rewolucyjnej. Po tym, jak szczątki Jonesa znalazły się w Paryżu, w 1911 roku dokonano przebudowy krypty. W tym czasie Flagg pozywał rząd USA za niezapłacone opłaty za architekturę i, co zaskakujące, nie został wybrany do zaprojektowania krypty i sarkofagu Jonesa. Na to zlecenie nowojorski architekt Whitney Warren zaprojektował skomplikowany czarno-biały marmurowy Grobowiec Grande Antique des Pyrenees i otaczający go ośmioboczny pokój, który został poświęcony w 1913 roku.
w 1928 roku ze względu na obawy o bezpieczeństwo spadającej terakoty, ornament Flagga został usunięty, a kopuła została ponownie ocieplona miedzią. W 1938 roku rosnąca liczba wiernych wymagała dobudowania kaplicy. Czcigodny architekt Paul Philippe Cret został zatrudniony do przedłużenia nawy, przekształcając Plan kaplicy w krzyż łaciński. Z oryginalnej konstrukcji wykorzystano granitowe listwy i drzwi z brązu (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman). Po ukończeniu w 1940 roku, rozbudowana Kaplica mogła pomieścić 2000 dodatkowych kadetów.