La chapelle de l’Académie Navale des États-Unis est la pièce maîtresse du plan du campus des Beaux-Arts d’Ernest Flagg et un monument visuel majeur dans le centre-ville d’Annapolis. À l’origine une croix grecque en plan, la chapelle monumentale atteint une hauteur de 210 pieds au sommet de la lanterne du dôme circulaire. Flagg avait l’intention d’utiliser du granit porteur, comme dans les premières phases de la construction de l’Académie navale américaine, mais en 1904, l’augmentation des coûts de construction rendait le montant alloué pour la chapelle insuffisant. Plutôt que de diminuer la taille et l’impact de sa chapelle, Flagg conçut un cadre en béton moins coûteux et substitua la brique grise et la terre cuite au granit extérieur. Son dôme à double coque légèrement encadré a été considéré comme une utilisation audacieuse et innovante du système de béton breveté Hennebique. Une construction en béton similaire était utilisée pour la voûte ignifuge dans d’autres bâtiments de l’Académie navale, mais son utilisation dans la chapelle était largement considérée comme l’utilisation la plus sophistiquée de ce matériau aux États-Unis à l’époque.
Le biographe de Flagg, Marges Bacon, identifie la chapelle militaire du Dôme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) à Paris comme l’inspiration de l’architecte. Construit d’abord comme chapelle royale pour Louis XIV, le Dôme des Invalides a été rénové pour inclure une crypte pour Napoléon Ier dans les années 1840. Flagg avait des ambitions similaires pour la chapelle, proposant d’inclure une crypte pour les restes encore à localiser de John Paul Jones, héros naval de la Guerre d’Indépendance. Après que les restes de Jones aient été localisés à Paris, une appropriation a été faite en 1911 pour ajouter la crypte. À cette époque, Flagg poursuivait le gouvernement américain pour des frais d’architecture impayés et, sans surprise, il n’a pas été choisi pour concevoir la crypte et le sarcophage de Jones. Sa collègue architecte new-yorkaise Whitney Warren a reçu cette commande et a conçu une tombe en marbre Grande Antique des Pyrénées en noir et blanc élaborée et la salle octogonale environnante, qui a été consacrée en 1913.
En 1928, en raison de problèmes de sécurité liés à la chute de terre cuite, l’ornement de Flagg a été retiré et le dôme a été recouvert de cuivre. En 1938, le nombre croissant d’inscriptions nécessita un ajout à la chapelle. Le vénérable architecte Paul Philippe Cret a été engagé pour agrandir la nef, transformant le plan de la chapelle en croix latine. L’ajout de Cret a réutilisé le parement en granit et les portes en bronze (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) de la construction d’origine. Une fois achevée en 1940, la chapelle agrandie pouvait accueillir 2 000 aspirants supplémentaires.