Die Kapelle der US Naval Academy ist das Herzstück von Ernest Flaggs Beaux-Arts-Campusplan und ein wichtiges visuelles Wahrzeichen in der Innenstadt von Annapolis. Ursprünglich ein griechisches Kreuz im Plan, erreicht die monumentale Kapelle eine Höhe von 210 Fuß an der Spitze der kreisförmigen Kuppel Laterne. Flagg beabsichtigte, wie in den ersten Phasen des Baus der US Naval Academy tragenden Granit zu verwenden, aber bis 1904 machten steigende Baukosten den für die Kapelle vorgesehenen Betrag unzureichend. Anstatt die Größe und Wirkung seiner Kapelle zu verringern, entwarf Flagg einen weniger teuren Betonrahmen und ersetzte grauen Ziegel und Terrakotta für Außengranit. Seine leicht gerahmte, zweischalige Kuppel galt als gewagte und innovative Verwendung des von Hennebique patentierten Betonsystems. Eine ähnliche Betonkonstruktion wurde für feuerfeste Gewölbe in anderen Gebäuden der Marineakademie verwendet, aber ihre Verwendung in der Kapelle wurde zu dieser Zeit in den Vereinigten Staaten weithin als die raffinierteste Verwendung dieses Materials angesehen.
Flaggs Biograph Marges Bacon identifiziert die Militärkapelle Dôme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) in Paris als Inspiration des Architekten. Der Dôme des Invalides wurde zunächst als königliche Kapelle für Ludwig XIV. erbaut und in den 1840er Jahren um eine Krypta für Napoleon I. erweitert. Flagg hatte ähnliche Ambitionen für die Kapelle und schlug vor, eine Krypta für die noch zu lokalisierenden Überreste von John Paul Jones, dem Marinehelden des Unabhängigkeitskrieges, einzubauen. Nachdem sich Jones ‚Überreste in Paris befanden, wurde 1911 eine Aneignung vorgenommen, um die Krypta hinzuzufügen. Zu diesem Zeitpunkt verklagte Flagg die US-Regierung wegen unbezahlter Architekturgebühren, und es überrascht nicht, dass er nicht ausgewählt wurde, um die Krypta und Jones ‚Sarkophag zu entwerfen. Der New Yorker Architekt Whitney Warren erhielt diesen Auftrag und entwarf ein aufwendiges schwarz-weißes Grande Antique des Pyrenees-Marmorgrab und den umliegenden achteckigen Raum, der 1913 eingeweiht wurde.
1928 wurde Flaggs Ornament wegen Sicherheitsbedenken wegen herabfallender Terrakotta entfernt und die Kuppel mit Kupfer ummantelt. 1938 erforderte die wachsende Einschreibung einen Anbau an die Kapelle. Der ehrwürdige Architekt Paul Philippe Cret wurde beauftragt, das Kirchenschiff zu erweitern und den Kapellenplan in ein lateinisches Kreuz umzuwandeln. Crets Hinzufügung verwendete die Granitverkleidung und die Bronzetüren (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) aus der ursprünglichen Konstruktion. Nach der Fertigstellung im Jahr 1940 konnte die erweiterte Kapelle 2.000 zusätzliche Midshipmen aufnehmen.