Après le siège de Khartoum, maintenant l’emplacement du tombeau du Mahdi, la ville s’est rapidement développée. Cependant, lors de la bataille d’Omdurman en 1898 (qui a eu lieu dans le village voisin de Kerreri), Lord Kitchener a vaincu de manière décisive les forces mahdistes et tué Abdallahi ibn Muhammad, le Khalifa, assurant le contrôle britannique sur le Soudan.
En septembre 1898, l’armée britannique de vingt mille hommes forés équipés des armes les plus récentes, des canons Maxim et des fusils Martini-Henry sous le commandement du GeneralHoratio Herbert Kitchener envahit le Soudan. Lors de la bataille d’Omdurman, l’armée britannique affronte des défenseurs soudanais composés de plus de 52 000 derviches déserteurs mal armés ; en l’espace de cinq heures, la bataille est terminée. Les défenseurs soudanais ont subi de nombreuses pertes, avec au moins 10 000 tués. En revanche, il y eut moins de quatre cents victimes du côté britannique et quarante-huit soldats britanniques perdirent la vie. Ensuite, le général Kitchener ordonna la destruction de la tombe du Mahdi et, selon les mots de Winston Churchill, « emporta la tête du Mahdi dans une boîte de kérosène en guise de trophée ».
Kitchener restaura Khartoum comme capitale et, de 1899 à 1956, le Soudan fut gouverné conjointement par la Grande-Bretagne et l’Égypte. Bien que la majeure partie de la ville ait été détruite lors de la bataille, la tombe du Mahdi a été restaurée et rénovée.
Le 10 mai 2008, le groupe rebelle du Mouvement pour la Justice et l’égalité du Darfour s’est installé dans la ville où il a engagé de violents combats avec les forces gouvernementales soudanaises. Leur objectif était de renverser le gouvernement d’Omar Hassan al-Bashir.