Initialement nommé Birchville, d’après le prospecteur et ancien hors-la-loi, Robert H. Birch, l’une des trois personnes qui ont trouvé le premier or, il a ensuite pris le nom espagnol Pinos Altos, signifiant grands pins, car de grands arbres poussaient dans la région. Ceux-ci ont été réduits au fur et à mesure que la ville atteignait une population d’environ 9 000 habitants dans les années 1880 et 1890 avant d’être lentement abandonnés au début des années 1900.Aujourd’hui, de nombreux bâtiments d’origine subsistent.
De la découverte de l’or en 1860 jusqu’à la fin de 1861, les mineurs sont harcelés par des Indiens Apaches opposés aux colons américains et mexicains qui occupent leurs terres. Le 27 septembre 1861, c’était le site de la bataille de Pinos Altos entre les Gardes de l’Arizona de Pinos Altos, une compagnie de milice territoriale confédérée de l’Arizona, et des guerriers Apaches dirigés par Mangas Coloradas et Cochise. Cette bataille n’a pas mis fin au conflit entre les colons et les Amérindiens, qui s’est poursuivi pendant plusieurs années, aucune des deux parties n’étant particulièrement disposée à voir le différend réglé pacifiquement. Même lorsqu’un traité a finalement été négocié entre les colons et les Indiens, un colon qui organisait un dîner pour célébrer la signature a ouvert le feu sur 60 Indiens non armés, tuant et blessant bon nombre des personnes rassemblées. L’hostilité des Indiens se poursuivit jusqu’à ce que les militaires construisent des forts permanents dans la région, dont le plus important est le fort Bayard, établi à quelques kilomètres au sud-est en 1866.
Le sénateur George Hearst a investi dans plusieurs mines de Pinos Altos, dont Mina Grande et Pacific Mine. Il a construit un moulin à timbres à Pinos Altos en 1889 et a incorporé le chemin de fer Silver City, Pinos Altos et Mogollon pour relier ces propriétés à sa fonderie Silver City. La Comanche Mining and Smelting Company acheva le chemin de fer à voie étroite de 2 pieds en 1906 ; mais le chemin de fer ferma lorsque le prix du cuivre plongea l’année suivante.
Le code postal de la ville est 88053. Le bureau de poste est situé dans le glacier Pinos Altos. L’ancien opéra a été combiné en un restaurant avec le Buckhorn Saloon.