アメリカ海軍兵学校チャペルはアーネスト-フラッグのボザール-キャンパス計画の目玉であり、アナポリスのダウンタウン全体の主要な視覚的ランドマークである。 当初はギリシャの十字架が計画されていたが、記念碑的な礼拝堂は円形のドームのランタンの上部に210フィートの高さに達している。 フラッグはアメリカ海軍兵学校の建設の第一段階と同様に耐荷重花崗岩を使用することを意図していたが、1904年までに建設費が増加したため、チャペルに充当された金額は不十分であった。 彼の礼拝堂の大きさと影響を減らすのではなく、フラッグは安価なコンクリートフレームを設計し、灰色のレンガとテラコッタを外部の花崗岩に置き換えた。 彼の軽く組み立てられた、二重貝のドームはHennebiqueの特許を取られた具体的なシステムの大胆で、革新的な使用として考慮された。 同様のコンクリート構造物は、他の海軍兵学校の建物で耐火金庫に使用されましたが、礼拝堂での使用は、当時の米国でこの材料の最も洗練された使用と広く考えられていました。
フラッグの伝記作家、Marges Baconは、パリのDôme des Invalides（1679-1691、J.Hardouin Mansart）の軍事礼拝堂を建築家のインスピレーションとして特定しています。 ルイ14世のための王室礼拝堂として最初に建てられたDôme des Invalidesは、1840年代にナポレオン1世のための地下室を含むように改装されました。フラッグは、独立戦争の海軍英雄であるJohn Paul Jonesのまだ位置していない遺跡のための地下室を含むことを提案しました。 ジョーンズの遺骨がパリに置かれた後、1911年に地下室を追加するための処分が行われた。 この時までにフラッグは未払いの建築費で米国政府を訴えており、当然のことながら、彼は地下室とジョーンズの石棺を設計することに選ばれなかった。 ニューヨークの建築家ホイットニー-ウォーレンはその委員会を受け、1913年に捧げられた精巧な黒と白のグランデアンティーク-デ-ピレネー大理石の墓と周囲の八角形の部屋を設計した。
1928年、テラコッタの落下に関する安全上の懸念のため、フラッグの装飾が取り除かれ、ドームは銅で再加熱されました。 1938年には、入学者数の増加に伴い、礼拝堂の増設が必要となった。 由緒ある建築家Paul Philippe Cretは身廊を拡張するために雇われ、礼拝堂の計画をラテン語の十字架に変えました。 クレットの追加は、元の建設から花崗岩の面と青銅のドア（1906-1909、Evelyn Beatrice Longman）を再利用しました。 1940年に完成すると、拡張された礼拝堂は2,000人の追加のミッドシップマンを収容することができた。