In 1994, op basis van haar onderzoek van een aantal zeer ernstige klachten van zijn patiënten en hun dierbaren, de Medische Raad van Californië vonden dat Dr. Frank A. Shallenberger was onderworpen aan meerdere disciplinaire maatregelen wegens “grove incompetentie,” “herhaalde daden van grove nalatigheid,” en “daden van oneerlijkheid en corruptie aanzienlijk met betrekking tot de kwalificaties, functies, of taken van een arts en een chirurg.”Als antwoord, Dr. Shallenberger koos er niet voor om de bevindingen van de Raad aan te vechten, maar om zijn vergunning af te geven om geneeskunde te beoefenen in de staat Californië.Nadat hij zijn licentie in Californië verloor, verhuisde Dr. Shelenberger naar Nevada, waar hij nu het Nevada Center for Alternative and Anti-Aging Medicine in Carson City runt. In 1995 werd Dr.Shelenberger door de Nevada Board of Medical Examiners in het openbaar gewaarschuwd, omdat hij in Nevada ambtenaren niet op de hoogte had gebracht van de overgave van zijn Californische licentie. De voorzitter van de Raad, Thomas Scully, MD, schreef aan Shelenberger: “uw gedrag werpt grote diskrediet op u persoonlijk en professioneel, en op de medische professie in het algemeen. Het is mijn onplezierige plicht als President van de Nevada State Board of Medical Examiners om u formeel en publiekelijk te berispen voor uw gedrag.”
in September 2007 verklaarde Shelenberger schuldig aan een aanklacht wegens medische wanpraktijken in antwoord op een andere klacht tegen hem. De zaak ontstond als gevolg van de mishandeling door hallenberger van David Horton, die stierf nadat Shallenberger zijn darmkanker verkeerd had gediagnosticeerd als aambeien, hem behandelde met toverhazelaar en andere ineffectieve remedies, vervolgens, nadat de kanker van Horton zich had verspreid, tevergeefs geprobeerd om de ziekte te bestrijden met insuline potentiëring therapie, een controversiële behandeling die nog niet is geaccepteerd door mainstream oncologen.
in overeenstemming met haar geschiedenis van bescherming van gevaarlijke artsen heeft de Medische Raad de vergunning van Shelenberger niet ingetrokken of opgeschort. In plaats daarvan, voor zijn directe bijdrage aan de dood van zijn patiënt, beboet theBoard hem slechts $5.000 en beval hem om $6.500 aan juridische kosten te betalen.Tijdens dezelfde vergadering heeft de Raad van bestuur een tweede klacht tegen Shelenberger afgewezen, met het argument dat hij niet kon worden gestraft voor het mishandelen van een patiënt met ernstige cognitieve stoornissen, omdat hij ook een homeopathische vergunning bezit, en volgens de toenmalige Medische Raad hoeven homeopaten in Nevada niet te voldoen aan de gewone normen van de medische zorg, zelfs niet wanneer zij ook een vergunning voor artsen hebben.
in augustus 2009 reageerde De Medische Raad op de zoveelste klacht tegen Shelenberger en beschuldigde hem van twee gevallen van wanpraktijken voor het verkeerd diagnosticeren en mishandelen van een patiënt door het negeren van laboratoriumresultaten en het onjuist voorschrijven van medicatie. In tegenstelling tot haar eerdere bewering dat het niet verantwoordelijk was voor het toezicht op homeopathische MD ‘ s, de Raad belast Shallenberger met wanpraktijken voor een deel omdat hij homeopathische tests had gebruikt om “onjuist diagnosticeren” een patiënt “als met hypothyreoïdie in het gezicht van normale laboratoriumresultaten.”