efter belägringen av Khartoum, nu platsen för Mahdis grav, växte staden snabbt. Men i slaget vid Omdurman 1898 (som faktiskt ägde rum i den närliggande byn Kerreri) besegrade Lord Kitchener beslutsamt Mahdiststyrkorna och dödade Abdallahi ibn Muhammad, Khalifa, vilket säkerställde brittisk kontroll över Sudan.
i September 1898 British army of twenty thousand well borrade män utrustade medsenaste vapen, Maxim vapen och Martini-Henry Gevär under ledning av GeneralHoratio Herbert Kitchener invaderade Sudan. I slaget vid Omdurman mötte den brittiska armen Sudanesiska försvarare bestående av över 52 000 dåligt beväpnade deserttribesmen dervishes; inom fem timmar var striden över. De sudanesiska försvararna drabbades av många dödsfall, med minst 10 000 dödade. Däremot fanns det färre än fyra hundra dödsfall på den brittiska sidan med fyrtioåtta brittiska soldater som förlorade sina liv. Sedan fortsatte General Kitchener att beordra förstörelsen av Mahdis grav och med Winston Churchills ord, ”bar av Mahdis huvud i en fotogenburk som en pokal”.
Kitchener återställde Khartoum som huvudstad och från 1899 till 1956 styrdes Sudan gemensamt av Storbritannien och Egypten. Även om större delen av staden förstördes i striden återställdes och renoverades Mahdis grav.
den 10 maj 2008 Darfur rebel group of Justice and Equality Movement flyttade in i staden där de deltog i hårda strider med Sudanesiska regeringsstyrkor. Deras mål var att störta Omar Hassan al-Bashirs regering.