Die maritime Seidenstraße entwickelte sich aus den früheren austronesischen Gewürzhandelsnetzen der Inselbewohner Südostasiens mit Sri Lanka und Südindien (gegründet 1000 bis 600 v. Chr.) sowie dem Handel der Jadeindustrie mit Lingling-o-Artefakten von den Philippinen im Südchinesischen Meer (um 500 v. Chr.). Für den größten Teil seiner Geschichte, Austronesische Thalassokratien kontrollierten den Fluss der maritimen Seidenstraße, vor allem die Gemeinwesen um die Straße von Malakka und Bangka, die malaiische Halbinsel, und das Mekong-Delta; obwohl chinesische Aufzeichnungen diese Königreiche aufgrund der Indisierung dieser Regionen als „indisch“ falsch identifizierten. Die Route war einflussreich in der frühen Ausbreitung des Hinduismus und Buddhismus im Osten. Bevor das Segeln auf offener See möglich war, führte ein Großteil des Handels mit China durch den Tonkin-Golf. Mehrere Handelshäfen gediehen in der Gegend, und die Region Jiaozhi (Nordvietnam), insbesondere angesammelt enormen Reichtum.
Tang-Aufzeichnungen weisen darauf hin, dass Srivijaya, das 682 n. Chr. in Palembang gegründet wurde, den Handel in der Region um die Meerenge und das Emporium des Südchinesischen Meeres beherrschte, indem es den Handel mit Luxusaromaten und buddhistischen Artefakten aus Westasien zu einem florierenden Tang-Markt kontrollierte.(p12) Chinesische Aufzeichnungen weisen auch darauf hin, dass die frühen chinesischen buddhistischen Pilger nach Südasien die Passage mit den austronesischen Schiffen buchten, die in chinesischen Häfen handelten. Bücher von chinesischen Mönchen wie Wan Chen und Hui-Lin enthalten detaillierte Berichte über die großen Handelsschiffe aus Südostasien Dating zurück bis mindestens ins 3. Jahrhundert n. Chr.
Vor dem 10.Jahrhundert wurde die Route hauptsächlich von südostasiatischen Händlern genutzt, obwohl auch tamilische und persische Händler sie segelten. Bis zum 7. Jahrhundert n. Chr. wagten sich arabische Dhau-Händler in die Routen, was zur frühesten Ausbreitung des Islam in südostasiatische Gemeinwesen führte.
Im 10. bis 13.Jahrhundert begann die Song-Dynastie in China, trotz der traditionellen chinesischen konfuzianischen Verachtung für den Handel, eigene Handelsflotten aufzubauen. Dies war teilweise auf den Verlust des Zugangs der Song-Dynastie zur Überlandseidenstraße zurückzuführen. Die chinesischen Flotten begannen, Handelsexpeditionen in die Region zu schicken, die sie als Nan Hai bezeichneten (meist vom Srivijaya dominiert) und wagten sich bis in den Süden der Sulusee und der Javasee. Dies führte zur Gründung chinesischer Handelskolonien in Südostasien, einem Boom des Seehandels und der Entstehung der Häfen von Quanzhou und Guangzhou als regionale Handelszentren in China.
Nach einer kurzen Einstellung des chinesischen Handels im 14.Jahrhundert aufgrund interner Hungersnöte und Dürren in China stellte die Ming-Dynastie die Handelswege mit Südostasien vom 15. bis 17.Jahrhundert wieder her. Sie starteten die Expeditionen von Zheng He mit dem Ziel, die „barbarischen Könige“ Südostasiens zu zwingen, wieder „Tribut“ an den Ming-Hof zu senden. Dies war typisch für die sinozentrischen Ansichten zum Zeitpunkt der Betrachtung von „Handel als Tribut“, obwohl Zheng Hes Expeditionen letztendlich erfolgreich waren, Handelsnetze mit Malakka, dem regionalen Nachfolger von Srivijaya, aufzubauen.
Im 16.Jahrhundert begann das Zeitalter der Erforschung. Die Eroberung Malakkas durch das portugiesische Reich führte zur Übertragung der Handelszentren an die Sultanate Aceh und Johor. Die neue Nachfrage nach Gewürzen aus Südostasien und Textilien aus Indien und China durch den europäischen Markt führte zu einem weiteren wirtschaftlichen Aufschwung in der maritimen Seidenstraße. Der Zustrom von Silber aus den europäischen Kolonialmächten könnte jedoch schließlich Chinas Kupfermünzen untergraben haben, was zum Zusammenbruch der Ming-Dynastie führte.
Die Qing-Dynastie setzte zunächst die Ming-Philosophie fort, den Handel als „Tribut“ an den Hof zu betrachten. Der zunehmende wirtschaftliche Druck zwang den Kangxi-Kaiser jedoch schließlich, das Verbot des privaten Handels 1684 aufzuheben, so dass Ausländer chinesische Handelshäfen betreten und chinesische Händler nach Übersee reisen konnten. Neben dem offiziellen imperialen Handel gab es auch einen bemerkenswerten Handel durch private Gruppen, hauptsächlich durch das Hokkien-Volk.