La Ruta de la Seda Marítima se desarrolló a partir de las anteriores redes de comercio de especias austronesias de los isleños del Sudeste Asiático con Sri Lanka y el sur de la India (establecidas entre 1000 y 600 a. C.), así como el comercio de la industria del jade en artefactos lingling-o de Filipinas en el mar del Sur de China (c. 500 a. C.). Durante la mayor parte de su historia, las talasocracias austronesias controlaron el flujo de la Ruta de la Seda Marítima, especialmente los estados alrededor de los estrechos de Malaca y Bangka, la península malaya y el delta del Mekong; aunque los registros chinos identificaron erróneamente a estos reinos como «indios» debido a la indianización de estas regiones. La ruta influyó en la temprana difusión del hinduismo y el budismo hacia el este. Antes de que fuera posible navegar en mar abierto, gran parte del comercio con China pasaba por el Golfo de Tonkin. Varios puertos comerciales prosperaron en la zona, y la región de Jiaozhi (norte de Vietnam), en particular, acumuló una enorme riqueza.
Los registros de Tang indican que Srivijaya, fundada en Palembang en el año 682, llegó a dominar el comercio en la región alrededor del estrecho y el emporio del Mar del Sur de China al controlar el comercio de aromáticos de lujo y artefactos budistas desde Asia Occidental hasta un próspero mercado Tang.(p12) Los registros chinos también indican que los primeros peregrinos budistas chinos al sur de Asia reservaron pasaje con los barcos austronesios que comerciaban en puertos chinos. Los libros escritos por monjes chinos como Wan Chen y Hui-Lin contienen relatos detallados de los grandes buques comerciales del sudeste asiático que se remontan al menos al siglo III d.C.
Antes del siglo X, la ruta era utilizada principalmente por comerciantes del Sudeste asiático, aunque los comerciantes tamiles y persas también la navegaban. En el siglo VII d. C., los comerciantes árabes de dhow se aventuraron en las rutas, lo que llevó a la propagación más temprana del Islam en las políticas del Sudeste asiático.
Entre los siglos X y XIII, la Dinastía Song de China comenzó a construir sus propias flotas comerciales, a pesar del desdén tradicional confuciano chino por el comercio. Esto se debió en parte a la pérdida del acceso de la dinastía Song a la Ruta de la Seda terrestre. Las flotas chinas comenzaron a enviar expediciones comerciales a la región a la que se referían como Nan hai (en su mayoría dominada por el Srivijaya), aventurándose tan al sur como el mar de Sulu y el Mar de Java. Esto llevó al establecimiento de colonias comerciales chinas en el sudeste asiático, un auge en el comercio marítimo y la aparición de los puertos de Quanzhou y Guangzhou como centros comerciales regionales en China.
Después de un breve cese del comercio chino en el siglo XIV debido a las hambrunas y sequías internas en China, la dinastía Ming restableció las rutas comerciales con el sudeste asiático desde los siglos XV al XVII. Lanzaron las expediciones de Zheng He, con el objetivo de obligar a los «reyes bárbaros» del sudeste asiático a reanudar el envío de «tributo» a la corte Ming. Esto era típico de los puntos de vista sinocéntricos en el momento de ver el «comercio como tributo», aunque en última instancia las expediciones de Zheng He tuvieron éxito en su objetivo de establecer redes comerciales con Malaca, el sucesor regional de Srivijaya.
En el siglo XVI, la Era de la Exploración había comenzado. La captura de Malaca por el Imperio portugués llevó a la transferencia de los centros comerciales a los sultanatos de Aceh y Johor. La nueva demanda de especias del sudeste asiático y textiles de la India y China por parte del mercado europeo llevó a otro auge económico en la Ruta de la Seda Marítima. Sin embargo, la afluencia de plata de las potencias coloniales europeas pudo haber socavado la acuñación de cobre de China, lo que llevó al colapso de la dinastía Ming.
La dinastía Qing inicialmente continuó la filosofía Ming de ver el comercio como un «tributo» a la corte. Sin embargo, la creciente presión económica finalmente obligó al emperador Kangxi a levantar la prohibición del comercio privado en 1684, permitiendo a los extranjeros entrar en los puertos comerciales chinos y permitiendo a los comerciantes chinos viajar al extranjero. Junto con el comercio imperial oficial, también hubo un comercio notable por parte de grupos privados, principalmente por el pueblo Hokkien.