Ursprünglich Birchville genannt, nach dem Prospektor und ehemaligen Gesetzlosen Robert H. Birch, einer von drei Personen, die das erste Gold fanden, nahm es später den spanischen Namen Pinos Altos an, was hohe Kiefern bedeutet, weil in der Gegend hohe Bäume wuchsen. Diese wurden abgeholzt, als die Stadt in den 1880er und 1890er Jahren auf etwa 9.000 Einwohner anwuchs, bevor sie in den frühen 1900er Jahren langsam aufgegeben wurde.
Von der Entdeckung des Goldes im Jahr 1860 bis Ende 1861 wurden Bergleute von Apachen-Indianern belästigt, die sich amerikanischen und mexikanischen Siedlern widersetzten, die ihr Land besetzten. Am 27. September 1861 fand hier die Schlacht von Pinos Altos zwischen den Arizona Guards of Pinos Altos, einer konföderierten Arizona Territorial Militia Company, und Apache-Kriegern unter der Führung von Mangas Coloradas und Cochise statt. Dieser Kampf beendete nicht den Konflikt zwischen Siedlern und amerikanischen Ureinwohnern, der mehrere Jahre andauerte, wobei keine der beiden Seiten besonders bereit war, den Streit friedlich beizulegen. Selbst als schließlich ein Vertrag zwischen den Siedlern und den Indianern ausgehandelt wurde, eröffnete ein Siedler, der ein Abendessen zur Feier der Unterzeichnung veranstaltete, das Feuer auf 60 unbewaffnete Indianer und tötete und verletzte viele der Versammelten. Die Feindseligkeit der Indianer setzte sich fort, bis das Militär dauerhafte Festungen in der Gegend errichtete, von denen das bedeutendste Fort Bayard war, das 1866 einige Meilen südöstlich errichtet wurde.
Senator George Hearst investierte in mehrere Pinos Altos Minen, darunter die Mina Grande und die Pacific Mine. Er baute 1889 eine Briefmarkenmühle in Pinos Altos und baute die Silver City, Pinos Altos und Mogollon Railroad ein, um diese Grundstücke mit seiner Silver City Smelter zu verbinden. Die Comanche Mining and Smelting Company stellte 1906 die 2-Fuß-Schmalspurbahn fertig; aber die Eisenbahn wurde geschlossen, als der Kupferpreis im folgenden Jahr stürzte.
Die Postleitzahl der Stadt ist 88053. Die Post befindet sich in der Eisdiele Pinos Altos. Das alte Opernhaus wurde zu einem Restaurant mit dem Buckhorn Saloon kombiniert.