Abstract
L’elettroforesi su gel è una delle tecniche più importanti attualmente disponibili per il frazionamento dell’RNA. La procedura sperimentale è relativamente semplice, ma tuttavia raggiunge risultati molto riproducibili e alta risoluzione. L’RNA è un polianione e quindi migrerà verso l’elettrodo positivo in un campo elettrico. Se la migrazione avviene attraverso una matrice gel di dimensione dei pori accuratamente scelta, la mobilità delle molecole di RNA è correlata al logaritmo dei pesi molecolari: le molecole più piccole si muovono alla massima distanza. Le matrici gel adatte per l’elettroforesi dell’RNA sono poliacrilammide o agarosio sotto forma di barre o lastre. L’agarosio è generalmente preferito all’acrilammide a causa della sua facilità di manipolazione e della minore tossicità, sebbene l’acrilammide dia una migliore risoluzione dell’RNA di piccolo peso molecolare. Le lastre hanno una serie di vantaggi rispetto ai gel per asta: consentono di frazionare molti campioni in condizioni identiche, possono essere facilmente colorati e fotografati e, dopo l’elettroforesi, gli acidi nucleici possono essere trasferiti su carta nitrata di cellulosa (Northern blotting) per esperimenti di ibridazione con una procedura simile a quella descritta nel capitolo 5 (1).