La U. S. Naval Academy Chapel è il fulcro del piano campus Beaux-Arts di Ernest Flagg e importante punto di riferimento visivo in tutto il centro di Annapolis. Originariamente a croce greca in pianta, la cappella monumentale raggiunge un’altezza di 210 piedi nella parte superiore della lanterna della cupola circolare. Flagg intendeva utilizzare granito portante, come nelle prime fasi della costruzione dell’Accademia navale degli Stati Uniti, ma nel 1904 l’aumento dei costi di costruzione rese inadeguata la somma stanziata per la cappella. Piuttosto che diminuire le dimensioni e l’impatto della sua cappella, Flagg progettato un telaio in cemento meno costoso e sostituito mattoni grigi e terracotta per granito esterno. La sua cupola a doppio guscio leggermente incorniciata è stata considerata un uso audace e innovativo del sistema in calcestruzzo brevettato Hennebique. Simile costruzione in calcestruzzo è stato utilizzato per volte a prova di fuoco in altri edifici Accademia Navale, ma il suo uso nella cappella è stato ampiamente considerato l’uso più sofisticato di questo materiale negli Stati Uniti al momento.
Il biografo di Flagg, Marges Bacon, identifica la cappella militare del Dôme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) a Parigi come l’ispirazione dell’architetto. Costruito prima come cappella reale per Luigi XIV, il Dôme des Invalides fu ristrutturato per includere una cripta per Napoleone I nel 1840. Flagg aveva ambizioni simili per la cappella, proponendo di includere una cripta per i resti ancora da trovare di John Paul Jones, eroe navale della guerra rivoluzionaria. Dopo che i resti di Jones furono localizzati a Parigi, nel 1911 fu fatto uno stanziamento per aggiungere la cripta. A questo punto Flagg stava facendo causa al governo degli Stati Uniti per tasse architettoniche non pagate e, non sorprende, non fu scelto per progettare la cripta e il sarcofago di Jones. Il collega architetto newyorkese Whitney Warren ricevette tale incarico e progettò un’elaborata tomba in marmo bianco e nero Grande Antique des Pyrenees e la sala ottagonale circostante, che fu dedicata nel 1913.
Nel 1928 a causa di problemi di sicurezza per la caduta di terracotta, l’ornamento di Flagg fu rimosso e la cupola risheathed con rame. Nel 1938, la crescente iscrizione richiedeva un’aggiunta alla cappella. Il venerabile architetto Paul Philippe Cret fu assunto per estendere la navata, trasformando la pianta della cappella in una croce latina. L’aggiunta di Cret riutilizzò il rivestimento in granito e le porte in bronzo (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) della costruzione originale. Una volta completata nel 1940, la Cappella ampliata poteva ospitare altri 2.000 guardiamarina.