Abstract
gelelektroforese is een van de belangrijkste technieken die momenteel beschikbaar zijn voor de fractionering van RNA. De experimentele procedure is relatief eenvoudig, maar bereikt niettemin zeer reproduceerbare resultaten en hoge resolutie. RNA is een polyanion en zal daarom migreren naar de positieve elektrode in een elektrisch veld. Als de migratie door een gelmatrix van zorgvuldig gekozen poriegrootte voorkomt, is de mobiliteit van de moleculen van RNA gerelateerd aan de logaritme van de molecuulgewichten: de kleinste moleculen bewegen de grootste afstand. Geschikte gelmatrices voor de elektroforese van RNA zijn polyacrylamide of agarose in de vorm van staven of platen. Agarose heeft over het algemeen de voorkeur boven acrylamide vanwege het gebruiksgemak en de lagere toxiciteit, hoewel acrylamide een betere resolutie van RNA met een klein molecuulgewicht geeft. Platen hebben een aantal voordelen ten opzichte van rod gels: ze maken het mogelijk om veel monsters onder identieke omstandigheden te fractioneren, ze kunnen gemakkelijk worden gekleurd en gefotografeerd, en na elektroforese kunnen de nucleïnezuren worden overgebracht naar cellulosenitraat papier (Northern blotting) voor hybridisatie experimenten door een procedure vergelijkbaar met die beschreven in hoofdstuk 5 (1).