Streszczenie
elektroforeza w żelu jest jedną z najważniejszych dostępnych obecnie technik frakcjonowania RNA. Procedura eksperymentalna jest stosunkowo prosta, ale mimo to osiąga bardzo powtarzalne wyniki i wysoką rozdzielczość. RNA jest polianionem i w związku z tym będzie migrować w kierunku elektrody dodatniej w polu elektrycznym. Jeśli migracja zachodzi przez matrycę żelową o starannie dobranej wielkości porów, ruchliwość cząsteczek RNA jest związana z logarytmem mas cząsteczkowych: najmniejsze cząsteczki poruszają się w największej odległości. Odpowiednie matryce żelowe do elektroforezy RNA to poliakrylamid lub agaroza w postaci prętów lub płyt. Agaroza jest ogólnie korzystna w stosunku do akrylamidu ze względu na łatwość obsługi i mniejszą toksyczność, chociaż akrylamid zapewnia lepszą rozdzielczość małego cząsteczkowego RNA. Płyty mają szereg zalet w stosunku do żeli prętowych: umożliwiają one frakcjonowanie wielu próbek w identycznych warunkach, mogą być łatwo barwione i fotografowane, a po elektroforezie kwasy nukleinowe mogą być przenoszone do papieru azotanowego celulozy (Northern blotting) W celu eksperymentów hybrydyzacji za pomocą procedury podobnej do opisanej w rozdziale 5 (1).