4 kwietnia 1578 roku w Madrycie urodził się Filip III, syn króla Filipa II, którego zastąpił w 1598 roku, mając 20 lat. Od początku swego panowania praktycznie oddał rządy Francisco de Lerma, swojemu faworytowi, który był faktycznym władcą Hiszpanii przez następne 20 lat. Spadek Filipa obejmował kryzysy i dylematy, które zniszczyły Hiszpanię w poprzednim półwieczu. W ciągu pierwszych 2 lat jego panowania kraj został spustoszony przez zarazę, która prawdopodobnie zmiotła 15-procentowy wzrost populacji hiszpańskiej w XVI wieku. Chociaż projekty o charakterze reformacyjnym, w tym plany restrukturyzacji systemu podatkowego, zostały przedłożone królowi i jego ministrom, regionalny tradycjonalizm i żywotne interesy blokowały zmianę.
w 1607 roku korona została zmuszona do odstąpienia od swoich długów. Drenaż funduszy spowodowany wojną holenderską i daremność prowadzenia walk w Niderlandach doprowadziły w 1609 roku do 12-letniego rozejmu. W efekcie wskazywał na brak opanowania przez Hiszpanię zbuntowanych poddanych w Niderlandach. Aby zamaskować tę porażkę, wieść o rozejmie towarzyszyła popularnemu środkowi, wypędzeniu Moriscos (Maurów nawróconych na chrześcijaństwo). Byli postrzegani z podejrzliwością jako potencjalni sprzymierzeńcy wrogów Hiszpanii, a z niechęcią jako ciężko pracujący ludzie, którzy zaoszczędzili większość swoich pieniędzy. Surowe środki przeciwko nim zostały podjęte wcześniej za panowania Filipa II. teraz około 275 000 Moriscos zostało wydalonych; większość udała się do Afryki Północnej. Hiszpania poniosła straty gospodarcze, zwłaszcza w Aragonii i Walencji, choć nie tak bardzo, jak po wypędzeniu Żydów w 1492 roku.
limit czasu na rozejm z Holendrami symbolizował oczekiwanie w całej Europie, że wojna ponownie wybuchnie, i to nie tylko w Holandii. Hiszpania przystąpiła do wojny trzydziestoletniej, która rozpoczęła się w Czechach w 1618 roku, ale jej wczesne sukcesy były krótkotrwałe, a udział Hiszpanii w wojnie jeszcze bardziej przyczynił się do jej ogólnego upadku.
Lerma został obalony w 1618 roku, a jego następcą został książę Uceda. Tymczasem Filip zajmował się ćwiczeniami dewocyjnymi lub spędzał czas na polowaniu, korzystał z teatru i urządzał wystawne bankiety, a jego rola pozornie sprowadzała się do zapewnienia następcy tronu. Z małżeństwa z Małgorzatą austriacką doczekał się ośmiorga dzieci, z których jedno odziedziczył Filip IV po jego śmierci 31 marca 1621 roku. Jego córka Anna z Austrii została małżonką Ludwika XIII z Francji.