Capela Academiei Navale a SUA este piesa centrală a planului campusului Beaux-Arts al lui Ernest Flagg și un reper vizual major în centrul orașului Annapolis. Inițial o cruce greacă în plan, Capela monumentală atinge o înălțime de 210 picioare în vârful felinarului cupolei circulare. Flagg intenționa să folosească granit portant, ca în primele faze ale construcției Academiei Navale a SUA, dar până în 1904 creșterea costurilor de construcție a făcut ca suma alocată capelei să fie inadecvată. În loc să diminueze dimensiunea și impactul capelei sale, Flagg a proiectat un cadru de beton mai puțin costisitor și a înlocuit cărămida gri și teracota cu granit exterior. Domul său ușor încadrat, cu coajă dublă, a fost considerat o utilizare îndrăzneață și inovatoare a sistemului de beton brevetat Hennebique. Construcția similară din beton a fost utilizată pentru boltirea ignifugă în alte clădiri ale Academiei Navale, dar utilizarea sa în capelă a fost considerată pe scară largă cea mai sofisticată utilizare a acestui material în Statele Unite la acea vreme.
biograful lui Flagg, Marges Bacon, identifică Capela militară a lui D Inquxme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) din Paris ca inspirație a arhitectului. Construită mai întâi ca o capelă Regală pentru Ludovic al XIV-lea, d-ul a fost renovat pentru a include o criptă pentru Napoleon I în anii 1840. Flagg avea ambiții similare pentru capelă, propunând să includă o criptă pentru rămășițele încă de localizat ale lui John Paul Jones, erou naval al Războiului Revoluționar. După ce rămășițele lui Jones au fost localizate la Paris, în 1911 s-a făcut o însușire pentru a adăuga cripta. În acest moment, Flagg dădea în judecată Guvernul SUA pentru taxe arhitecturale neplătite și, în mod surprinzător, nu a fost ales să proiecteze cripta și sarcofagul lui Jones. Colegul arhitect din New York, Whitney Warren, a primit acea Comisie și a proiectat un alb-negru elaborat Grande Antique des Pyrenees mormânt de marmură și camera octogonală din jur, care a fost dedicată în 1913.
în 1928 din cauza preocupărilor de siguranță cu privire la căderea teracotei, ornamentul lui Flagg a fost îndepărtat și cupola a fost reîncălzită cu cupru. În 1938, înscrierea în creștere a necesitat o adăugare la capelă. Venerabilul arhitect Paul Philippe Cret a fost angajat să extindă naosul, transformând planul capelei într-o cruce latină. Adăugarea lui Cret a refolosit ușile din granit și bronz (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) din construcția originală. Când a fost finalizată în 1940, Capela extinsă ar putea găzdui 2.000 de militari suplimentari.