Abstrakt
gelelektrofores är en av de viktigaste teknikerna för närvarande tillgängliga för fraktionering av RNA. Det experimentella förfarandet är relativt enkelt, men uppnår ändå mycket reproducerbara resultat och hög upplösning. RNA är en polyanion och kommer därför att migrera mot den positiva elektroden i ett elektriskt fält. Om migrationen sker genom en gelmatris av noggrant utvald porstorlek, är rörligheten för RNA-molekylerna relaterad till logaritmen för molekylvikterna: de minsta molekylerna rör sig det största avståndet. Lämpliga gelmatriser för elektrofores av RNA är polyakrylamid eller agaros i form av stavar eller plattor. Agaros föredras generellt framför akrylamid på grund av dess lätta hantering och lägre toxicitet, även om akrylamid ger bättre upplösning av RNA med liten molekylvikt. Plattor har ett antal fördelar jämfört med stånggeler: de gör det möjligt att fraktionera många prover under identiska förhållanden, de kan lätt färgas och fotograferas, och efter elektrofores kan nukleinsyrorna överföras till cellulosanitratpapper (Northern blotting) för hybridiseringsexperiment genom ett förfarande som liknar det som beskrivs i kapitel 5 (1).