U. S. Naval Academy Chapel är mittpunkten i Ernest Flaggs Beaux-Arts campusplan och stora visuella landmärke i hela Annapolis centrum. Ursprungligen ett grekiskt kors i plan når det monumentala kapellet en höjd av 210 fot på toppen av den cirkulära kupolens lykta. Flagg avsåg att använda bärande granit, som i de första faserna av US Naval Academy konstruktion, men 1904 ökade byggkostnaderna gjorde det belopp som anslagits för kapellet otillräckligt. I stället för att minska storleken och effekterna av hans kapell, Flagg utformade en billigare betongram och ersatt grå tegel och terrakotta för yttre granit. Hans lättramade kupol med dubbla skal ansågs vara en vågad och innovativ användning av Hennebique patenterade betongsystem. Liknande betongkonstruktion användes för brandsäker valv i andra Naval Academy-byggnader, men dess användning i kapellet ansågs allmänt vara den mest sofistikerade användningen av detta material i USA vid den tiden.
Flagg ’ s biograf, Marges Bacon, identifierar militärkapellet I d Jacobme des Invalides (1679-1691, J. Hardouin Mansart) i Paris som arkitektens inspiration. Byggdes först som ett kungligt kapell för Ludvig XIV, renoverades D Jacobme des Invalides för att inkludera en krypta för Napoleon I på 1840-talet. Flagg hade liknande ambitioner för kapellet och föreslog att inkludera en krypta för de ännu inte belägna resterna av John Paul Jones, marinhjälte från revolutionskriget. Efter att Jones kvarlevor var belägna i Paris gjordes ett anslag 1911 för att lägga till kryptan. Vid den här tiden stämde Flagg den amerikanska regeringen för obetalda arkitektoniska avgifter och inte överraskande valdes han inte för att designa kryptan och Jones sarkofag. Kollega New York-arkitekten Whitney Warren fick den uppdraget och designade en utarbetad svartvit Grande Antique des Pyrenees marmorgrav och det omgivande åttkantiga rummet, som invigdes 1913.
1928 på grund av säkerhetsproblem för fallande Terrakotta avlägsnades Flaggs prydnad och kupolen omvärmdes med koppar. År 1938 krävde växande inskrivning ett tillägg till kapellet. Den ärafulla arkitekten Paul Philippe Cret anställdes för att förlänga skeppet och förvandla kapellplanen till ett latinskt kors. Crets tillägg återanvände granitvända och bronsdörrar (1906-1909, Evelyn Beatrice Longman) från den ursprungliga konstruktionen. När det stod klart 1940 kunde det utökade kapellet rymma ytterligare 2000 midshipmen.