existují různé zprávy o jeho smrti. Podle jednoho účtu, byl ubit k smrti francouzskými piráty v Marseille.
v roce 1240 podnikl dvě cesty za výkupné zajatců. První byl do Murcie, ve které koupil svobodu devadesáti osmi otroků: druhý do Alžíru, ve kterém vykoupil osmdesát sedm, ale zůstal rukojmím pro plné zaplacení peněz. Široce rozšířený časný účet tvrdí, že výkupné nedorazilo včas, a tak se jeho únosci rozhodli nechat ho zabít. Byl přibit na kříž ve tvaru X a byl rozřezán.
nejvíce autoritativní účet pochází z raných análů Mercedarianů. „Zajatý ve Skotsku anglickými piráty, byl Serapion svázán rukama a nohama ke dvěma pólům a poté byl zbit, rozebrán a vykuchán. Nakonec byl jeho krk částečně odříznut a jeho hlava zůstala viset.“
barokní umělec Francisco Zurbarán líčí smrt Serapiona V jednom ze svých obrazů.
papež Benedikt XIII ho prohlásil mučedníkem a schválil jeho úctu ve svém řádu dekretem v roce 1728. Papež Benedikt XIV ho přidal do římského martyrologie. Serapion je připomínán 14.listopadu.