Ci sono vari resoconti della sua morte. Da un conto, fu picchiato a morte dai pirati francesi a Marsiglia.
Fece due viaggi per il riscatto dei prigionieri, nel 1240. Il primo fu a Murcia, in cui acquistò la libertà di novantotto schiavi: il secondo ad Algeri, in cui riscattò ottantasette, ma rimase lui stesso ostaggio per il pagamento completo del denaro. Un primo resoconto ampiamente diffuso sostiene che il riscatto non arrivò in tempo e così i suoi rapitori decisero di farlo uccidere. Fu inchiodato su una croce a forma di X e fu smembrato.
Il resoconto più autorevole proviene dai primi annali dei Mercedari. “Catturato in Scozia dai pirati inglesi, Serapione fu legato per le mani e i piedi a due pali, e fu poi battuto, smembrato e sventrato. Infine, il suo collo è stato in parte reciso, lasciando la testa a penzolare.
L’artista barocco Francisco Zurbarán raffigura la morte di Serapione in uno dei suoi dipinti.
Papa Benedetto XIII lo dichiarò martire, e approvò la sua venerazione nel suo Ordine, con un decreto nel 1728. Papa Benedetto XIV lo ha aggiunto al Martirologio romano. Serapione è commemorato il 14 novembre.