Es gibt verschiedene Berichte über seinen Tod. Nach einem Bericht wurde er von französischen Piraten in Marseille zu Tode geprügelt.
Er unternahm 1240 zwei Reisen zum Lösegeld für Gefangene. Der erste war nach Murcia, in dem er die Freiheit von achtundneunzig Sklaven kaufte: der zweite nach Algier, in dem er siebenundachtzig erlöste, aber selbst eine Geisel für die volle Zahlung des Geldes blieb. Ein weit verbreiteter früher Bericht besagt, dass das Lösegeld nicht rechtzeitig eintraf und seine Entführer beschlossen, ihn töten zu lassen. Er wurde an ein X-förmiges Kreuz genagelt und zerstückelt.
Der maßgeblichste Bericht stammt aus den frühen Annalen der Mercedarier. „Von englischen Piraten in Schottland gefangen genommen, wurde Serapion an Händen und Füßen an zwei Stangen gebunden und dann geschlagen, zerstückelt und ausgeweidet. Schließlich wurde sein Hals teilweise durchtrennt und sein Kopf baumelte.“
Der Barockkünstler Francisco Zurbarán stellt in einem seiner Gemälde den Tod Serapions dar.
Papst Benedikt XIII. erklärte ihn zum Märtyrer und billigte seine Verehrung in seinem Orden durch ein Dekret im Jahre 1728. Papst Benedikt XIV. fügte ihn dem römischen Martyrologium hinzu. Serapion wird am 14.November gedacht.