er zijn verschillende verslagen van zijn overlijden. Hij werd in Marseille door Franse piraten doodgeslagen.Hij maakte twee reizen voor het losgeld van gevangenen, in 1240. De eerste was aan Murcia, waarin hij de Vrijheid van achtennegentig slaven kocht; de tweede aan Algiers, waarin hij zevenentachtig verloste, maar zelf een gijzelaar bleef voor de volledige betaling van het geld. Een wijdverspreide vroege account houdt in dat het losgeld niet op tijd aankomen en dus zijn ontvoerders besloten om hem te doden. Hij werd genageld aan een X-vormig kruis en werd in stukken gesneden.
het meest gezaghebbende verslag komt uit de vroege annalen van de Mercediërs. “Gevangen in Schotland door Engelse piraten, Serapion was gebonden door de handen en voeten aan twee polen, en werd vervolgens geslagen, in stukken gesneden en opengereten. Uiteindelijk werd zijn nek gedeeltelijk afgehakt, waardoor zijn hoofd te bengelen.”
de barokkunstenaar Francisco Zurbarán schildert de dood van Serapion in een van zijn schilderijen.Paus Benedictus XIII verklaarde hem tot martelaar en keurde zijn verering in zijn orde goed bij decreet in 1728. Paus Benedictus XIV voegde hem toe aan de Romeinse Martyrologie. Serapion wordt herdacht op 14 November.