Il existe divers récits de sa mort. Selon un récit, il a été battu à mort par des pirates français à Marseille.
Il fait deux voyages pour la rançon des captifs, en 1240. Le premier était à Murcie, où il acheta la liberté de quatre-vingt-dix-huit esclaves; le second à Alger, où il en racheta quatre-vingt-sept, mais resta lui-même otage pour le paiement intégral de l’argent. Un premier récit largement diffusé affirme que la rançon n’est pas arrivée à temps et que ses ravisseurs ont donc décidé de le faire tuer. Il a été cloué sur une croix en forme de X et a été démembré.
Le récit le plus faisant autorité provient des premières annales des Mercédaires. « Capturé en Écosse par des pirates anglais, Sérapion a été lié par les mains et les pieds à deux poteaux, puis a été battu, démembré et éventré. Enfin, son cou a été en partie sectionné, laissant sa tête pendre. »
L’artiste baroque Francisco Zurbarán représente la mort de Sérapion dans l’une de ses peintures.
Le pape Benoît XIII le déclara martyr, et approuva sa vénération dans son Ordre, par un décret en 1728. Le pape Benoît XIV l’a ajouté au martyrologe romain. Sérapion est commémoré le 14 novembre.