det finns olika berättelser om hans död. Av ett konto blev han slagen till döds av franska pirater i Marseille.
han gjorde två resor för lösen av fångar, i 1240. Den första var till Murcia, där han köpte friheten för nittioåtta slavar: den andra till alger, där han löste in åttiosju, men förblev sig gisslan för full betalning av pengarna. Ett allmänt cirkulerat tidigt konto hävdar att lösenbeloppet inte kom fram i tid och så bestämde hans fångare att han skulle dödas. Han spikades på ett X-format kors och splittrades.
det mest auktoritativa kontot kommer från Mercedarians tidiga annaler. ”Fångad i Skottland av engelska pirater, var Serapion bunden av händer och fötter till två poler och blev sedan slagen, dismembered och disemboweled. Slutligen var hans nacke delvis avskuren och lämnade huvudet för att dingla.”
barockkonstnären Francisco Zurbar Ubbign skildrar serapions död i en av hans målningar.
påven Benedictus XIII förklarade honom en martyr och godkände hans vördnad i sin ordning genom ett dekret 1728. Påven Benedict XIV lade honom till den romerska Martyrologin. Serapion firas den 14 November.