Abstract
Die Gelelektrophorese ist eine der wichtigsten derzeit verfügbaren Techniken zur Fraktionierung von RNA. Das experimentelle Verfahren ist relativ einfach, erzielt aber dennoch sehr reproduzierbare Ergebnisse und eine hohe Auflösung. RNA ist ein Polyanion und wandert daher in einem elektrischen Feld zur positiven Elektrode. Wenn die Migration durch eine Gelmatrix sorgfältig ausgewählter Porengröße erfolgt, hängt die Mobilität der RNA-Moleküle vom Logarithmus der Molekulargewichte ab: die kleinsten Moleküle bewegen die größte Entfernung. Geeignete Gelmatrices für die Elektrophorese von RNA sind Polyacrylamid oder Agarose in Form von Stäbchen oder Brammen. Agarose wird im Allgemeinen Acrylamid wegen seiner einfachen Handhabung und geringeren Toxizität vorgezogen, obwohl Acrylamid eine bessere Auflösung von RNA mit kleinem Molekulargewicht ergibt. Platten haben eine Reihe von Vorteilen gegenüber Stabgelen: sie ermöglichen die Fraktionierung vieler Proben unter identischen Bedingungen, sie lassen sich leicht anfärben und fotografieren, und nach der Elektrophorese können die Nukleinsäuren für Hybridisierungsexperimente ähnlich wie in Kapitel 5 (1) beschrieben auf Cellulosenitratpapier (Northern Blotting) übertragen werden.