hänen kuolemastaan on useita kertomuksia. Erään kertomuksen mukaan ranskalaiset merirosvot hakkasivat hänet kuoliaaksi Marseillessa.
hän teki kaksi matkaa vankien lunnaiden saamiseksi, vuonna 1240. Ensimmäinen oli Murciaan, jossa hän osti yhdeksänkymmentäkahdeksan orjan vapauden, toinen Algeriin, jossa hän lunasti kahdeksankymmentäseitsemän, mutta jäi itse panttivangiksi maksaakseen rahat kokonaan. Laajalle levinneen varhaisen kertomuksen mukaan lunnaat eivät saapuneet ajoissa, joten hänen vangitsijansa päättivät tapattaa hänet. Hänet naulattiin X: n muotoiseen ristiin ja paloiteltiin.
arvovaltaisin kertomus on peräisin Mercedarialaisten varhaisista aikakirjoista. ”Englantilaisten merirosvojen vangitsemana Skotlannissa Serapion sidottiin käsistä ja jaloista kahteen paaluun, minkä jälkeen hänet hakattiin, paloiteltiin ja suolistettiin. Lopulta hänen kaulansa katkesi osittain, jolloin hänen päänsä jäi roikkumaan.”
Barokkitaiteilija Francisco Zurbarán kuvaa Serapionin kuolemaa yhdessä maalauksistaan.
Paavi Benedictus XIII julisti hänet marttyyriksi ja hyväksyi hänen kunnioituksensa järjestyksessään asetuksella vuonna 1728. Paavi Benedictus XIV lisäsi hänet roomalaiseen Martyrologiaan. Serapionin muistopäivää vietetään 14.