Le transporteur TAP se trouve dans la lumière ER associée au complexe de chargement peptidique (PLC). Ce complexe de microglobuline β2, de calréticuline, d’ERp57, de TAP, de tapasine et de classe I du CMH agit pour garder les molécules du CMH jusqu’à ce qu’elles soient complètement chargées en peptides.
Transport de peptides
Le transport de peptides par TAP est un processus en plusieurs étapes. La poche de liaison peptidique est formée par TAP-1 et TAP-2. L’association avec TAP est un événement indépendant de l’ATP, « dans une étape d’association bimoléculaire rapide, le peptide se lie au TAP, suivi d’une isomérisation lente du complexe TAP ». Il est suggéré que le changement conformationnel de la structure déclenche l’hydrolyse de l’ATP et initie ainsi le transport des peptides.
Les deux domaines de liaison aux nucléotides (NBD) sont nécessaires à la translocation des peptides, car chaque NBD ne peut pas hydrolyser l’ATP seul. Le mécanisme exact du transport n’est pas connu; cependant, les résultats indiquent que la liaison de l’ATP au TAP-1 est l’étape initiale du processus de transport, et que l’ATP lié au TAP-1 induit la liaison de l’ATP au TAP-2. Il a également été montré que le décrochage du CMH chargé de classe I est lié au cycle de transport du TAP provoqué par les signaux de la sous-unité TAP-1.
Transport de l’ARNm hors du nucléusdit
La protéine de levure Mex67p et le NXF1 humain, également appelé TAP, sont les deux NXF (facteurs de transport nucléaire) les mieux caractérisés. Les TAP interviennent dans l’interaction de la particule ribonucléoprotéique messagère (mRNP) et du complexe de pores nucléaires (NPC).Les NXF ne ressemblent en rien aux récepteurs prototypes de transport nucléaire de la famille des importines–exportines (caryophérines) et ne possèdent pas le domaine de liaison Ran caractéristique que l’on trouve dans toutes les caryophérines.
Spécifiquedit
L’activité ATPase du TAP dépend fortement de la présence du substrat correct, et la liaison peptidique est une condition préalable à l’hydrolyse de l’ATP. Cela empêche le gaspillage d’ATP via une hydrolyse indépendante du peptide.
La spécificité des protéines TAP a d’abord été étudiée en piégeant des peptides dans l’ER par glycosylation. Le TAP se lie aux peptides de 8 à 16 résidus avec une affinité égale, tandis que la translocation est la plus efficace pour les peptides de 8 à 12 résidus de long. L’efficacité diminue pour les peptides de plus de 12 résidus. Cependant, des peptides contenant plus de 40 résidus ont été translocés, bien qu’avec une faible efficacité. Les peptides ayant une faible affinité pour la molécule de classe I du CMH sont transportés hors de l’ER par une protéine d’exportation dépendante de l’ATP efficace. Ces mécanismes décrits peuvent représenter un mécanisme permettant de s’assurer que seuls les peptides de haute affinité sont liés au CMH de classe I.