En 1994, basándose en su investigación de varias quejas extremadamente graves de sus pacientes y sus seres queridos, la Junta Médica de California encontró que el Dr. Frank A. Shallenberger estaba sujeto a múltiples acciones disciplinarias debido a «incompetencia grave», «actos repetidos de negligencia grave» y «actos de deshonestidad y corrupción que están sustancialmente relacionados con las calificaciones, funciones o deberes de un médico y cirujano.»En respuesta, el Dr. Shallenberger decidió no impugnar los hallazgos de la Junta, sino renunciar a su licencia para ejercer la medicina en el estado de California.
Después de perder su licencia en California, el Dr. Shallenberger se mudó a Nevada, donde ahora dirige el Centro de Medicina Alternativa y Antienvejecimiento de Nevada en Carson City.
En 1995, al no haber notificado a los funcionarios de Nevada la entrega de su licencia de California, el Dr. Shallenberger fue amonestado públicamente por la Junta de Examinadores Médicos de Nevada. El Presidente de la Junta, Thomas Scully, MD, escribió a Shallenberger: «Su conducta arroja un gran descrédito sobre usted, personal y profesionalmente, y sobre la profesión médica en general. Es mi desagradable deber como Presidente de la Junta de Examinadores Médicos del Estado de Nevada reprenderle formal y públicamente por su conducta.»
En septiembre de 2007, Shallenberger se declaró culpable de un cargo de negligencia médica en respuesta a otra queja en su contra. El caso surgió como consecuencia del maltrato de Shallenberger a David Horton, quien murió después de que Shallenberger diagnosticara erróneamente su cáncer de colon como hemorroides, lo trató con hamamelis y otros remedios ineficaces, luego, después de que el cáncer de Horton se hubiera extendido, intentó sin éxito combatir la enfermedad con Terapia de Potenciación de insulina, un tratamiento controvertido que aún no ha sido aceptado por los oncólogos convencionales.
De acuerdo con su historial de protección de médicos peligrosos, la Junta Médica no revocó ni suspendió la licencia de Shallenberger. En cambio, por su contribución directa a la muerte de su paciente, la Junta le impuso una multa de solo 5 5,000 y le ordenó pagar costs 6,500 en costos legales.
En la misma reunión, la Junta desestimó una segunda queja contra Shallenberger, sosteniendo que no podía disciplinarlo por maltratar a un paciente con deficiencias cognitivas graves porque también tenía una licencia homeopática y, de acuerdo con la Junta Médica en ese momento, los homeópatas en Nevada no tienen que cumplir con las normas ordinarias de atención médica, incluso cuando también tienen licencia de MD.
En agosto de 2009, la Junta Médica respondió a otra queja contra Shallenberger, acusándolo de dos cargos de negligencia por diagnosticar y maltratar a un paciente ignorando los resultados de laboratorio y recetando medicamentos incorrectamente. En contraste con su afirmación anterior de que no era responsable de supervisar los médicos homeopáticos, la Junta acusó a Shallenberger de negligencia, en parte porque había utilizado pruebas homeopáticas para «diagnosticar incorrectamente» a un paciente «con hipotiroidismo frente a los resultados normales de laboratorio.»