istnieją różne relacje o jego śmierci. Z jednej strony został pobity na śmierć przez francuskich piratów w Marsylii.
odbył dwie podróże dla okupu jeńców, w 1240 roku. Pierwszy był w Murcji, gdzie nabył wolność dziewięćdziesięciu ośmiu niewolników: drugi w Algierze, w którym odkupił osiemdziesiąt siedem, ale sam pozostał zakładnikiem dla pełnej zapłaty pieniędzy. Szeroko rozpowszechniona wczesna relacja głosi, że okup nie dotarł na czas, więc porywacze postanowili go zabić. Został przybity do krzyża w kształcie litery X i rozczłonkowany.
najbardziej autorytatywna relacja pochodzi z wczesnych roczników Mercedarian. „Schwytany w Szkocji przez angielskich piratów, Serapion został związany rękami i nogami do dwóch biegunów, a następnie pobity, poćwiartowany i wypatroszony. W końcu jego szyja została częściowo odcięta, pozostawiając głowę do zwisania.”
artysta barokowy Francisco Zurbarán przedstawia śmierć Serapiona na jednym ze swoich obrazów.
Papież Benedykt XIII ogłosił go męczennikiem i zatwierdził jego cześć w swoim Zakonie dekretem w 1728 roku. Papież Benedykt XIV dodał go do Martyrologii rzymskiej. Serapion imieniny obchodzi 14 listopada.