La distinción entre ensayos pragmáticos y explicativos no es la misma que la distinción entre ensayos aleatorizados y no aleatorizados. Cualquier ensayo puede ser aleatorizado o no aleatorizado y tener cualquier grado de poder pragmático y explicativo, dependiendo del diseño de su estudio, siendo preferible la aleatorización si está disponible de manera práctica. Sin embargo, la mayoría de los ensayos controlados aleatorios (ECA) hasta la fecha se han inclinado hacia el lado explicativo del espectro pragmático-explicativo, en gran parte debido al valor que tradicionalmente se asigna a la demostración de la causalidad mediante la descontaminación como parte de la demostración de la eficacia, pero a veces también porque «los intentos de minimizar los costos y maximizar la eficiencia han llevado a tamaños de muestra más pequeños». El movimiento hacia el apoyo a los ensayos controlados aleatorizados pragmáticos (PRCT, por sus siglas en inglés) espera asegurarse de que el dinero gastado en ECA se gasta bien al proporcionar información que realmente importa para los resultados del mundo real, independientemente de vincular de manera concluyente la causalidad a variables particulares. Este es el elemento pragmático de tales diseños. Por lo tanto, los PRCT son importantes para la investigación de efectividad comparativa, y a menudo (aunque no siempre) se hace una distinción entre eficacia y efectividad, por lo que la eficacia implica causalidad comprobada mediante la desconfusión de otras variables (sabemos con certeza que el medicamento X trata la enfermedad Y por mecanismo de acción Z), pero la eficacia implica correlación con los resultados independientemente de la presencia de otras variables (sabemos con certeza que las personas en una situación similar a X que toman el medicamento A tienden a tener resultados ligeramente mejores que los que toman el medicamento B, e incluso si pensamos que podemos sospechar por qué, la la causalidad no es tan importante).
La explicación sigue siendo importante, al igual que la investigación tradicional de eficacia, porque todavía valoramos el conocimiento de la causalidad para avanzar en nuestra comprensión de la biología molecular y para mantener nuestra capacidad de diferenciar la eficacia real de los efectos placebo. Lo que se ha hecho evidente en la era de la tecnología avanzada de la salud es que también necesitamos conocer la eficacia comparativa en aplicaciones del mundo real para poder garantizar el mejor uso de nuestros limitados recursos a medida que tomamos innumerables instancias de decisiones clínicas. Y es evidente que la evidencia explicativa, como la evidencia in vitro e incluso la evidencia in vivo de ensayos clínicos con criterios de exclusión estrictos, a menudo no ayuda lo suficiente, por sí sola, con esa tarea.