Hay varios relatos de su muerte. Según un relato, fue golpeado hasta la muerte por piratas franceses en Marsella.
Hizo dos viajes para el rescate de cautivos, en 1240. La primera fue a Murcia, en la que compró la libertad de noventa y ocho esclavos; la segunda a Argel, en la que redimió ochenta y siete, pero permaneció como rehén por el pago íntegro del dinero. Un relato temprano ampliamente difundido sostiene que el rescate no llegó a tiempo, por lo que sus captores decidieron matarlo. Fue clavado en una cruz en forma de X y desmembrado.
El relato más autorizado proviene de los primeros anales de los mercedarios. Capturado en Escocia por piratas ingleses, Serapion fue atado por las manos y los pies a dos palos, y luego fue golpeado, desmembrado y destripado. Finalmente, le cortaron parcialmente el cuello, dejando la cabeza colgada.»
El artista barroco Francisco Zurbarán representa la muerte de Serapión en una de sus pinturas.
El Papa Benedicto XIII lo declaró mártir, y aprobó su veneración en su Orden, por un decreto en 1728. El Papa Benedicto XIV lo añadió al Martirologio romano. Serapión se conmemora el 14 de noviembre.