Der gälische Name für die „Isle of Skye“ ist Ein t-Eilean Sgithanach (oder Sgiathanach, eine neuere und weniger verbreitete Schreibweise). Die Bedeutung dieses Namens ist nicht klar. Es wurden verschiedene Etymologien vorgeschlagen, wie die „geflügelte Insel“ oder „die gekerbte Insel“, Bisher wurde jedoch keine endgültige Lösung gefunden, und der Ortsname stammt möglicherweise aus einer noch unbekannten Substratsprache und ist daher einfach undurchsichtig.
Zum Beispiel schrieb Donald Munro, High Dean of the Isles, 1549: „Diese Ile ist callit Ellan Skiannach in Irish, das heißt in Inglish die wyngit Ile sagen, Grund sein, es hat mony wyngis und pointis lyand furth fra es, werfen die Teilung thir foirsaid Lochis“.
Dies war keineswegs die erste schriftliche Referenz. Römische Quellen beziehen sich auf die Scitis (siehe die Ravenna-Kosmographie) und Scetis kann auf einer Karte von Ptolemäus gefunden werden. Eine mögliche Ableitung von * skitis, einem frühen keltischen Wort für „geflügelt“, das die Halbinseln der Insel beschreiben kann, die von einem bergigen Zentrum ausstrahlen, wurde ebenfalls vorgeschlagen.
In den nordischen Sagen wird Skye Skíð genannt, zum Beispiel in der Hákonar Saga Hákonarsonar und in einem skaldischen Gedicht in Saga Magnús konungs berfœtts in der Heimskringla von c. 1230. Nach anderen Autoren wurde es auf Nordisch als skuy „neblige Insel“, * skýey oder skuyö „Wolkeninsel“ bezeichnet. Es ist nicht sicher, ob der gälische poetische Name für die Insel, Eilean a’Cheò „isle of the mist“, dem nordischen Namen vorausgeht oder nachdatiert. Einige Legenden verbinden die Insel auch mit der mythischen Figur der Königin Scáthach.
Die Probleme mit den vorgeschlagenen gälischen Etymologien lassen sich wie folgt zusammenfassen. Zuerst, Das gälische Wort für „geflügelt“ ist sgiathach und Sgiathanach ist auf Gälisch nur im Ortsnamen und im Ethnonym Sgiathanach „Person aus Skye“ bezeugt. Zweitens weisen die aufgezeichneten Aussprachen alle auf ein klares vorangestelltes -ach-Ende hin: , , oder . Dies bedeutet, dass es sehr unwahrscheinlich ist, dass die Form Sgiathanach auf dem gälischen Plural von „Flügel“ (sgiathan) basiert, der in der letzten Silbe () ein schwa enthält und eine höchst ungewöhnliche Adjektivform darstellt, die auf einem Pluralnomen basiert. Drittens würde das Diminutiv / Nominalisierer-Ende -an mit einem klaren in der letzten Silbe führen. Diese Form sciathán oder sgiathan ist in der Tat in den modernen gälischen Sprachen bezeugt. Die altirische attestierte Form ist scíath (verwandt mit dem modernen walisischen ysgwydd „Schulter“) mit einer rekonstruierten keltischen Form * skeito-, was darauf hindeutet, dass die irische Form sgiathán eine Innovation und eine unwahrscheinliche Wurzel für Sgiathanach ist. Schließlich beinhaltet die Ableitung des Namens von Scáthach zwei Hauptprobleme: Es gäbe einen Fall von unerklärlicher Palatalisierung von to und ein unerklärliches zusätzliches Element -an-.
Die Wurzeln der römischen und griechischen Formen, Scit- und Scet- (Bedeutung unbekannt), könnten die Wurzel von Sgitheanach sein, da sie sich regelmäßig ins Altgälische entwickeln und eine völlig logische Quelle für das attestierte nordische Skíð sein würden. Es würde auch zum modernen Sgitheanach über eine regelmäßige Suffigation von -an und -ach führen, um ein Ethnonym und Adjektiv zu bilden. Dies würde auch die Verwendung einer scheinbaren Wurzelform in erklären An Cuan Sgith (e) Der Minch (die Meerenge, die die äußeren Hebriden von den inneren Hebriden trennt) und die ältere irische Form von Scíth eher als die moderne An tOileán Sgiathanach, zum Beispiel: Do ṡiuḃal sé scíṫ agus an dá UiḃEast agus Beinn a‘ ṀAola… „Er reiste Skye und die beiden Uists und Benbecula…“. In diesem Fall kann die Interpretation des Namens als „geflügelt“ einfach ein Fall von Volksetymologie sein.
Im April 2007 wurde in den Medien berichtet, dass der offizielle Name der Insel vom Highland Council in Eilean a’Cheò geändert wurde. Der Rat stellte jedoch klar, dass sich dieser Name bei den damals bevorstehenden Wahlen nur auf eine seiner 22 Stationen bezog und dass keine Pläne zur Änderung oder Einstellung des englischen Namens bestanden.