Le nom gaélique de « l’île de Skye » est un t-Eiléen Sgitheanach (ou Sgiathanach, une orthographe plus récente et moins courante). La signification de ce nom n’est pas claire. Diverses étymologies ont été proposées, telles que « l’île ailée » ou « l’île crantée », mais aucune solution définitive n’a été trouvée à ce jour et le toponyme peut provenir d’une langue de substrat encore inconnue et donc simplement opaque.
Par exemple, en écrivant en 1549, Donald Munro, Haut Doyen des Îles a écrit: « Cette Île est callit Ellan Skiannach en irlandais, c’est-à-dire en inglish l’île wyngit, soit la raison pour laquelle elle a mony wyngis et pointis lyand furth fra elle, jeter la division de thir foirsaid Lochis ».
Ce n’était en aucun cas la première référence écrite. Les sources romaines se réfèrent au Scitis (voir la cosmographie de Ravenne) et Scétis se trouve sur une carte de Ptolémée. Une dérivation possible de *skitis, un mot celtique ancien pour « ailé », qui peut décrire les péninsules de l’île qui rayonnent d’un centre montagneux, a également été suggérée.
Dans les sagas nordiques, Skye est appelée Skíð, par exemple dans la saga Hákonar Hákonarsonar, et dans un poème skaldique de la Saga Magnús konungs berfœtts dans la Heimskringla de c. 1230. Selon d’autres auteurs, elle était appelée en norrois skuy « île brumeuse », *skýey ou skuyö « île des nuages ». Il n’est pas certain que le nom poétique gaélique de l’île, Eilean a’ Cheò « île de la brume » précède ou postdate le nom norrois. Certaines légendes associent également l’île à la figure mythique de la reine Scáthach.
Les problèmes avec les étymologies gaéliques proposées peuvent être résumés comme suit. Tout d’abord, le mot gaélique pour « ailé » est sgiathach et sgiathanach n’est pas attesté en gaélique sauf dans le toponyme et l’ethnonyme Sgiathanach « personne de Skye ». Deuxièmement, les prononciations enregistrées pointent toutes vers une terminaison claire précédant la terminaison -ach : ,, ou. Cela signifie que la forme Sgiathanach est très peu susceptible d’être basée sur le pluriel gaélique de « wing » (sgiathan), qui contient un schwa dans la dernière syllabe () et représenterait une forme adjectivale très inhabituelle basée sur un nom pluriel. Troisièmement, la fin diminutive / nominalisatrice – an entraînerait, avec un clair dans la dernière syllabe. Cette forme sciathán ou sgiathan est en effet attestée dans les langues gaéliques modernes. La forme attestée en vieil irlandais est scíath (apparenté au gallois moderne ysgwydd « épaule ») avec une forme celtique reconstruite * skeito-, ce qui suggère que la forme irlandaise sgiathán est une innovation et une racine improbable pour Sgiathanach. Enfin, dériver le nom de Scáthach implique deux problèmes principaux: il y aurait un cas de palatalisation inexpliquée de to et un élément supplémentaire inexpliqué -an-.
Les racines des formes romaines et grecques, Scit- et Scet- (signifiant inconnu), pourraient être la racine de Sgitheanach car elles se développeraient régulièrement en vieux gaélique et constitueraient une source tout à fait logique pour le Skíð nordique attesté. Cela conduirait également au Sgitheanach moderne via une suffigation régulière de -an et -ach pour former un ethnonyme et un adjectif. Cela expliquerait également l’utilisation d’une forme racinaire apparente dans un Cuan Sgith (e) Le Minch (le détroit séparant les Hébrides extérieures des Hébrides Intérieures) et la forme irlandaise plus ancienne de Scíth plutôt que le moderne An tOileán Sgiathanach, par exemple: Do ṡiuḃal sé scíṫ agus an dá UiḃEast agus Beinn a’ ṀAola… « Il a voyagé Skye et les deux Uistes et Benbecula… ». Dans ce cas, l’interprétation du nom comme « ailé » peut simplement être un cas d’étymologie populaire.
En avril 2007, il a été rapporté dans les médias que le nom officiel de l’île avait été changé par le Conseil des Hautes terres en Eilean a’ Cheò. Cependant, le Conseil a précisé que ce nom ne faisait référence qu’à l’un de ses 22 quartiers lors de l’élection alors imminente, et qu’il n’était pas prévu de changer la signalisation ou de supprimer le nom anglais.