El nombre gaélico de la «Isla de Skye» es un t-Eilean Sgitheanach (o Sgiathanach, una ortografía más reciente y menos común). El significado de este nombre no está claro. Se han propuesto varias etimologías, como la «isla alada» o la «isla con muescas», pero no se ha encontrado una solución definitiva hasta la fecha y el nombre del lugar puede provenir de una lengua substrata aún desconocida y, por lo tanto, simplemente opaca.
Por ejemplo, escribiendo en 1549, Donald Munro, Decano Supremo de las Islas, escribió: «Esta Ile es callit Ellan Skiannach en irlandés, es decir en inglés la Ile wyngit, por lo que tiene mony wyngis y pointis lyand furth fra it, tira la división de thir foirsaid Lochis».
Esta no fue de ninguna manera la primera referencia escrita. Las fuentes romanas se refieren a la Scitis (véase la Cosmografía de Rávena) y los Scetis se pueden encontrar en un mapa de Ptolomeo. También se ha sugerido una posible derivación de *skitis, una palabra celta temprana para «alado», que puede describir las penínsulas de la isla que irradian desde un centro montañoso.
En las sagas nórdicas, Skye se llama Skíð, por ejemplo en la saga Hákonar Hákonarsonar, y en un poema escáldico en Saga Magnús konungs berfœtts en la Heimskringla de c. 1230. Según otros autores, se le conoce en nórdico como skuy «isla de niebla», *skýey, o skuyö «isla de las nubes». No es seguro si el nombre poético gaélico de la isla, Eilean a’ Cheò «isla de la niebla» precede o postdata al nombre nórdico. Algunas leyendas también asocian la isla con la figura mítica de la reina Scáthach.
Los problemas con las etimologías gaélicas propuestas se pueden resumir de la siguiente manera. En primer lugar, la palabra gaélica para «alado» es sgiathach y sgiathanach no está atestiguado en gaélico, excepto en el topónimo y el etnónimo Sgiathanach «persona de Skye». En segundo lugar, todas las pronunciaciones grabadas apuntan hacia una terminación clara que precede a-ach:,, o . Esto significa que es muy poco probable que la forma Sgiathanach se base en el plural gaélico de «wing» (sgiathan), que contiene un schwa en la última sílaba () y representaría una forma adjetival altamente inusual basada en un sustantivo plural. En tercer lugar , la terminación diminutivo/nominalizador-an resultaría en, con una clara en la última sílaba. Esta forma sciathán o sgiathan está atestiguada en las lenguas gaélicas modernas. La antigua forma irlandesa atestiguada es scíath (cognada con el galés moderno ysgwydd «hombro») con una forma celta reconstruida *skeito-, lo que sugiere que la forma irlandesa sgiathán es una innovación y una raíz poco probable para Sgiathanach. Finalmente, derivar el nombre de Scáthach implica dos problemas principales: habría un caso de palatalización inexplicable de to y un elemento adicional inexplicable-an-.
Las raíces de las formas romana y griega, Scit-y Scet – (que significa desconocido), podrían ser la raíz de Sgitheanach, ya que se desarrollarían regularmente en Gaélico Antiguo y serían una fuente completamente lógica para el nórdico atestiguado Skíð. También llevaría a la moderna Sgitheanach a través de una sufigación regular de-an y-ach para formar un etnónimo y adjetivo. Esto también explicaría el uso de una forma de raíz aparente en un Cuan Sgith (e) El Minch (el estrecho que separa las Hébridas Exteriores de las Hébridas Interiores) y la forma irlandesa más antigua de Scíth en lugar de la moderna An tOileán Sgiathanach, por ejemplo: Doiiualal sé scí ag agus an dá UieEast agus Beinn a’ 지aola… «Viajó por Skye y los dos Uists y Benbecula…». En este caso, la interpretación del nombre como «alado» puede ser simplemente un caso de etimología popular.
En abril de 2007 se informó en los medios de comunicación que el nombre oficial de la isla había sido cambiado por el Consejo de las Tierras Altas a Eilean a’ Cheò. Sin embargo, el Consejo aclaró que este nombre se refería solo a uno de sus 22 distritos en la elección inminente, y que no había planes para cambiar la señalización o discontinuar el nombre inglés.